השיטה הנכונה לשימוש במשטף שיניים היא כדלקמן:
1. הזרקת מים: הוסף מים נקיים או מי פה למיכל המים של ההשקיה הדנטלית, התקן את מיכל המים על גוף המכונה והקפד על התקנה טובה;
2. מיקום: החזיקו את מברשת השיניים בצורה אנכית כשהפיה פונה כלפי מעלה, הזיזו את הפנים מעל הכיור, הנח את הפיה בפה וסגור מעט את הפה כדי למנוע התזת מים מהפה;
3. ניקוי: הפעל את המתג, בחר את המצב המתאים, נקה היטב את חלל הפה, וגרם למים לזרום בניצב ככל האפשר למרווחים בין השיניים והקצוות בין השיניים לחניכיים, תוך תנועה איטית לאורך השיניים לשטיפה.
לאחר השימוש במשטף השיניים, כבה אותו, נקה היטב וייבש אותו לפני אחסונו. יש לציין כי השימוש במשקיפי שיניים צריך להיות הדרגתי, החל ממצב עדין והימנעות משימוש בתדירות יתר.